天正18年（1590）の小田原合戦に際し、豊臣秀吉が小田原城攻略のため築いた城で、「石垣山一夜城」の名でも親しまれています。
石垣で築かれた近世城郭で、箱根外輪山の一角から派生する標高250ｍ前後の尾根上に立地しています。

城は天守台のある本丸、二の丸（厩曲輪）、三の丸、南曲輪、西曲輪、井戸曲輪のほか腰曲輪などの複数の曲輪で構成されており、要所要所に虎口や櫓台の跡も認められて、安土・桃山時代の城郭の特徴をよく示しています。

石垣は、余り加工をしない自然石を使って積み上げる「野面積み」で、城郭石垣としては古い技法です。
特に井戸曲輪の石垣は残りもよく、圧巻です。

また、天守台跡等で多量の瓦が出土しており、天守や櫓が存在したようです。
なお瓦の中には「辛卯八月日」「天正十九年」とへら書きされたものもあり、小田原合戦後も短期間ながら城の造営が続けられたと考えられています。

石垣山城は、その後は使用や改修の形跡がなく、豊臣秀吉が築城した当時の姿をよく伝えており貴重です。