（1）上場株式等に係る譲渡所得等（譲渡益）の金額の算出方法　
　総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋委託手数料等）＝上場株式等に係る譲渡所得等の金額

（2）一般株式等に係る譲渡所得等（譲渡益）の金額の算出方法　
　総収入金額（譲渡価額）－必要経費（取得費＋委託手数料等）＝一般株式等に係る譲渡所得等の金額  

証券会社などの金融商品取引業者が特定口座内での年間の譲渡損益を計算する制度です。

特定口座には、簡易申告口座と確定申告不要の源泉徴収口座があります。源泉徴収口座を利用した場合、確定申告は不要ですが、別口座との譲渡所得と損益通算する場合や、繰越控除などの適用を受ける場合は確定申告をすることも出来ます。

他の口座との損益を通算する場合や、譲渡損失を繰越控除する特例の適用を受ける場合は確定申告をする必要があります。

申告した場合、所得割額から、5％源泉徴収された住民税分を税額控除し、控除しきれない分は、還付または住民税へ充当します。

※確定申告をした場合、譲渡所得は合計所得に含まれます。その場合、国民健康保険や扶養の判定に大きく影響する場合がありますのでご注意ください。

平成29年度の税制改正により、特定上場株式等の配当所得や上場株式等の譲渡（源泉がある特定口座）に係る所得については、所得税と異なる課税方式により個人住民税を課税できることが明確化され、特定上場株式等の配当所得等を含めた確定申告書が提出されている場合であっても、その後に個人住民税の申告で記載された事項を基に課税できること等が明確化されました。
所得税と個人住民税において異なる課税方式を選択する場合は、個人住民税の納税通知書が送達される時までに、所得税と異なる課税方式を選択するための申告を行う必要があります。

※令和4年度の税制改正により、令和6年度以降の市県民税については、特定配当等及び特定株式等譲渡所得金額に係る所得の課税方式を所得税と一致させることとなり、所得税と異なる課税方式を選択することができなくなります。また、上場株式等に係る譲渡損失の損益通算及び繰越控除の適用要件についても、所得税と一致させることとなります。

特定上場株式等の配当等については、所得税（復興特別所得税分を含む）15.315％と住民税（配当割）5％の合計20.315％の税率で源泉徴収（特別徴収）されています。（源泉徴収がされる特定口座の上場株式等譲渡所得も同じ）
確定申告をした場合は、申告書第二表「住民税に関する事項」欄に5％分の特定上場株式等の配当割額や株式等譲渡所得割額を記入することで、住民税の所得割額から税額控除されます。
申告不要とされている特定上場株式等の配当等を確定申告した場合、配偶者控除や扶養控除などの判定に用いる合計所得金額に算入されることになり、扶養控除が受けられないことや、国民健康保険料、後期高齢者医療保険料などに影響が出る場合がありますので、確定申告には注意が必要となります。