羽根尾貝塚は、大磯丘陵で発見された貝塚と低湿地からなる遺跡です。
今から約6,000～5,000年前の縄文時代前期後半、気候の温暖化が進み、地球規模で海水面が上昇した「縄文海進」後の比較的温暖な気候の時代に形成された貝塚です。
貝塚は最大のもので20.8×8.0ｍの範囲に広がり、貝層の厚さが約50㎝で、ダンベイキサゴとヤマトシジミの２種類の貝が主体です。

出土した遺物は、縄文時代前期の関山式・黒浜式土器のほかに、東海地方との交流を示す土器が多数含まれていることが特徴です。
また、漆塗りの木製容器、丸木舟を漕ぐための櫂、骨や角で作った髪飾りや釣針などの生活の道具、縄文人が食料としたカツオ、イシナギなどの魚類、イノシシ、シカ、イルカなどの哺乳   類の骨や歯、クルミなどの木の実も出土しています。

このように、貝塚が低湿地の泥炭層中に形成されたことにより、通常は分解してしまう有機質の遺物が数多く出土しているのが大きな特徴であり、とても貴重です。